I melanomi mucosali sono neoplasie rare, ma molto aggressive, principalmente localizzate nell’apparato respiratorio e gastro-intestinale. A differenza di quanto accade per i ben noti e studiati melanomi cutanei, di cui rappresentano circa il 5%, non si dispone ad oggi di modelli sperimentali validi per il loro studio, mancando un sistema di stadiazione completo ed efficace. Inoltre la difficoltà nel rilevare le lesioni e il conseguente ritardo nella diagnosi contribuisce a determinare una prognosi peggiore rispetto ai melanomi cutanei. Nello studio sono stati fatti diversi passi avanti. In particolare, si sono potute confermare alcune varianti genetiche che erano state identificate con tecniche di analisi su larga scala (Whole Exome Sequencing e RNA-sequencing). Queste varianti, che includono mutazioni puntiformi e varianti strutturali, sono state verificate con metodi più specifici su linee cellulari di melanoma e sui tessuti originali del tumore.

In particolare, le varianti a singolo nucleotide (SNV) sono state validate tramite sequenziamento Sanger, eseguito su DNA estratto sia dalle cellule coltivate che dal tessuto tumorale fissato e conservato in paraffina. I trascritti di fusione, cioè le variazioni che creano geni ibridi, sono stati verificati con una tecnica chiamata RT-qPCR, utilizzata su RNA totale estratto dalle cellule. Inoltre, grazie ad una collaborazione con l’Istituto Tumori di Milano si è utilizzato un approccio chiamato target NGS (TSO 500), che permette di analizzare firme molecolari di utilità clinica come: TMB (Tumor Mutational Burden, cioè la quantità di mutazioni nel tumore), MSI (Instabilità dei microsatelliti) e HRD (difetti della ricombinazione omologa).

Per capire se le varianti genetiche trovate siano rilevanti sia biologicamente che clinicamente nel contesto del melanoma mucosale, sono stati esplorati database mutazionali riconosciuti a livello internazionale e soluzioni innovative basate su algoritmi di predizione. Questa analisi ha permesso di identificare nuovi eventi mutazionali a potenziale patogenetico.

Questo progetto di ricerca è sostenuto da una borsa di studio Valentino Morbio